Vigilancia genómica de Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenemes en una unidad de trasplantes
Publicación científica en la que participó Verónica E. Álvarez, co-fundadora de Equaiar, en su rol de investigadora, en colaboración con equipos de microbiología clínica y genómica bacteriana. Trabajo independiente de Equaiar.
Desafío
En 2019, dos pacientes de la unidad de trasplantes de un hospital de alta complejidad de Buenos Aires resultaron colonizados e infectados por Klebsiella pneumoniae multirresistente productora de carbapenemasa KPC. Ante este tipo de hallazgos, un desafío habitual en la vigilancia hospitalaria es determinar si la cepa que coloniza a un paciente es la misma que luego lo infecta, o si se trata de eventos independientes — una distinción clave para las decisiones de tratamiento y para el control de infecciones.
Solución
Se aplicó secuenciación genómica completa (WGS) sobre las cuatro cepas aisladas de ambos pacientes, junto con análisis de identidad nucleotídica promedio (ANI) y comparación de SNPs en el genoma core. Este abordaje permitió establecer con precisión la relación clonal entre las cepas colonizantes e infectantes de cada paciente, algo que los métodos de cultivo tradicionales no pueden resolver.
Resultado
El análisis confirmó que ambos pacientes fueron colonizados e infectados por la misma cepa (0 y 18 SNPs de diferencia respectivamente), mientras que las cepas de los dos pacientes correspondían a sublinajes distintos dentro del clon de alto riesgo ST11. La identificación de la cepa colonizante guió la decisión de tratamiento antibiótico empírico, y uno de los pacientes fue dado de alta sin secuelas infecciosas. El caso reforzó el valor de la WGS como herramienta de vigilancia genómica en programas de control de infecciones hospitalarias.
Referencias
García Allende N, Álvarez VE, Gonzales Machuca A, et al. Contribution of the Whole Genome Sequencing to surveillance programs of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) strains. Infection Prevention in Practice, 2024. Ver publicación