Procesamiento de datos de secuenciación de extremo a extremo, desde el control de calidad de las lecturas hasta la obtención del genoma ensamblado y evaluado

Análisis de calidad de lecturas crudas
Filtrado y trimming
Ensamblado de genomas
Control de calidad del ensamblado

Identificación y caracterización de todos los elementos funcionales del genoma bacteriano

Anotación estructural y funcional
Identificación de genes codificantes y ARNs
Identificación de regiones reguladoras

Determinación de la identidad y el linaje de los aislamientos

Identificación de especie y subespecie
Tipificación clonal (MLST / cgMLST)
Tipificación de clado

Caracterización de los determinantes de resistencia para rastrear patrones y tendencias

Detección de genes y mutaciones que confieren resistencia
Resistencia a metales, biocidas y estrés
Identificación de genes de alto riesgo epidemiológico

Detección y tipificación de los sistemas de defensa bacteriana y análisis de su rol en la adquisición de resistencia

Detección y tipificación de sistemas CRISPR-Cas
Análisis de spacers
Relación entre CRISPR y adquisición de resistencia

Reconstrucción del contexto genético de la resistencia y rastreo de su diseminación horizontal entre aislamientos

Detección de secuencias de inserción y transposones
Identificación de integrones y genes cassette
Caracterización de islas genómicas
Identificación y tipificación de plásmidos
Rastreo de genes de resistencia

Comparación de múltiples genomas para caracterizar la diversidad genética de los aislamientos

Cálculo de genoma core y pangenoma
Identificación de genes core, accesorios y únicos

Identificación de determinantes de virulencia para apoyar la toma de decisiones clínicas y epidemiológicas

Detección de genes de virulencia
Tipificación específica para patógenos de relevancia clínica

Reconstrucción de la historia evolutiva de los aislamientos e identificación de cadenas de transmisión y clones de alto riesgo

Reconstrucción de árboles filogenéticos
Clustering basado en SNPs del genoma core
Detección y filtrado de recombinación

Confección de reportes integradores para comunicación clínica y epidemiológica

Tablas de resumen por aislamiento con metadata clínica y epidemiológica
Generación de figuras de árboles filogenéticos anotados
Representación gráfica de perfiles de resistencia y virulencia
Redacción de reportes técnicos por muestra o brote

Nuestros protocolos están basados en publicaciones con referato internacional y se actualizan continuamente para incorporar los avances más recientes en genómica bacteriana y resistencia antimicrobiana.

Cada análisis se adapta al diseño experimental del cliente, garantizando resultados reproducibles, trazables y aplicables.